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如何检验基因组组装的准确性?

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点击次数:580 更新时间:2019年06月06日16:59:20 打印此页 关闭

组装的准确度对于新物种基因组组装是至关重要的,一般有下面几种方法来检验组装的准确度:

(1) 构建 BAC 或 Fosmid 文库,并用 Sanger 法测序得到序列,将 BAC 序列与所拼接出来的 contigs 做比对来查看基因组组装的准确率。如,熊猫基因组拼接后,构建了 9 条 BACs,每条 BAC 都 map 到唯一的一条 scafflold 上,而 98%的 BAC 都和拼接好的 contigs 很好的比对上。

(2) 将已知的基因序列与拼接出来的 scaffolds 做比对,如果两者序列结果相吻合的话,说明基因组组装较好。而且已知的基因序列越多,评价结果越可靠。

(3) 估计组装后基因组的单碱基准确度,利用新一代测序技术,如果 95%以上的基因组单碱基覆盖度超过 20X,则认为该基因组的单碱基准确度较高。

二代测序8.png

下一条:哪些因素会影响测序结果的质量?
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